El 21 de enero de 2009, con un episodio doble, comenzó la quinta temporada y penúltima de la serie. En esta temporada los flashbacks y flashforwards perdieron el protagonismo, aunque fueron utilizados en la parte final de la temporada, mientras que en la primera parte los viajes en el tiempo se robaron el protagonismo para explicar como sucedieron algunos hechos antes de que los sobrevivientes del vuelo 815 de Oceanic se estrellará en la Isla el 22 de septiembre de 2004.
Episodios
5x1Porque te fuisteJan 21, 2009
5x2La MentiraJan 21, 2009
5x3Cabeza huecaJan 28, 2009
5x4El pequeño príncipeFeb 04, 2009
5x5La muerte está aquíFeb 11, 2009
5x6316Feb 18, 2009
5x7Vida y muerte de Jeremy BenthamFeb 25, 2009
5x8LaFleurMar 04, 2009
5x9NamasteMar 18, 2009
5x10El prisioneroMar 25, 2009
5x11Lo hecho, hecho estáApr 01, 2009
5x12No hay muerto vivoApr 08, 2009
5x13A algunos les gusta calienteApr 15, 2009
5x14La variableApr 29, 2009
5x15Sigue al líderMay 06, 2009
5x16El incidente - Parte 1May 13, 2009
5x17El incidente - Parte 2May 13, 2009